Mange steder på om omkring Nakskov Fjord kan man finde smukke og spændende planter. En stor del af disse kan findes i galleriet til højre. De er her navngivet, så man kan se, hvad man har fundet, inden der læses videre i diverse floraer. Af særlige sjældne planter kan i fjorden ses følgende:
Soløje-Alant, der vokser i små bestande hist og her. Let tilgængelig er en gruppe på Albuetangen og én på Kuddeholm ved Hestehovedet. Der er ofte mange sommerfugle.
Strandmandstro på Albuetangen og Det Sydlollanske Dige. Flotte planter, men truet pga. plukning, så lad venligst være.
Strand-stenkløver ved foden af Albuetangen og ved Langø. Den er meget sjælden, men har en stor bestand ved Nakskov Fjord.
Tætblomstret hindebæger findes hist og her i fjorden. Vokser især på beskyttede strandenge, men er truet pga. manglende græsning og tagrør, der indtager dens voksesteder.
Vild selleri kendes i Nakskov Fjord kun fra Albuetangen. Den vokser især ved kanten af og imellem tagrør. Den smager dejligt, et blad gør ikke noget, men undgå indsamling.

På Det Sydlollandske Dige vokser også mange spændende og usædvanligt flotte planter. Ager kohvede, Alm. engelsød, Blåklokke, Blåmunke, Hjorterod, Klæbrig limurt, Sankthansurt, Strand fladbælg, Nikkende limurt og Tidlig skjalder vokser alle på diget. Mange af disse er meget sjældne, så hvert år kommer botanikere til Sydlolland for at opleve de sjældne planter. Den bedste lokalitet er er utvilsomt diget mellem Kranitze og Bredfjed, hvor der fra midt i juni og cirka 3 uger frem kan ses mange af arterne i blomst. Da en stor del af arterne kun vokser få steder i Danmark, bør man ikke plukke blomsterne.

En nyhed i Nakskov Fjord er Alm. bakketidsel. Den blev opdaget på Enehøje i december. Den gang var der kun en lille bestand, men den flotte lave bakketidsel er ved at brede sig, så nu er der kommet noget nyt at se på. Bakketidslen er meget velkommen, da den er en af de overdrevsarter, der er der er på EU-s liste over særlige arter knyttet til kalrige overdrev. Det vil sige området, hvor den almindelige bakketidsel er EU-habitatområde (kalrigt overdrev). Skov- og Naturstyrelsen er naturligvis meget glade for, at bakketidslen breder sig, for det beviser at intensionerne med at skabe overdrev på Enehøje er ved at gå i opfyldelse.